期末论文在大多数情况下都会经过查重系统检测，以确保学术诚信和学术质量。学校和教师会借助各种查重软件，如Turnitin、知网等，对学生提交的论文进行查重。如果发现论文存在抄袭或重复内容，可能会导致不良后果，如扣分、重新写作、甚至学术处分。为避免期末论文查重问题，学生应该注重文献引用、避免抄袭、保持原创性，严格按照学术规范完成论文写作。

为了避免期末论文被查重系统认定为抄袭，学生在写作过程中应该注意以下几点：1.及时引用文献并标注清晰，避免出现未经引用的他人观点或文字；2.注意文献的引用格式，确保符合学术规范；3.保持独立思考，注重论文的原创性和独特性；4.提前规划写作时间，避免匆忙完成导致抄袭嫌疑；5.可以利用查重软件提前自查，及时发现问题并进行修改。以上方法可以帮助学生有效避免期末论文查重问题，确保论文的学术质量和通过率。