论文副标题查重的原理主要是通过文本比对技术，对输入的副标题进行分析和匹配，检测其中是否存在与已有文献相似的部分。系统会根据设定的算法和规则，计算相似度并给出相应的查重结果。同时，还会结合关键词、语义等多方面进行综合判断。

在进行论文副标题查重时，常用的方法包括基于规则的查重和基于语义的查重。基于规则的查重主要依靠关键词、结构等规则进行比对，适用于简单的重复检测；而基于语义的查重则更加注重内容的意义和表达方式，能够发现较为隐晦的抄袭行为。研究者可根据具体需求选择合适的查重方法。