知网查重的原理涵盖了多方面，其中包括对论文内容的全面检索，包括正文、参考文献以及脚注等。脚注虽然位于论文底部，但也是论文的一部分，因此在查重过程中同样会被纳入考虑。如果论文中的脚注存在与其他文献相似的情况，那么知网查重系统也会将其检测出来。因此，在撰写论文时，不仅要关注正文和参考文献的原创性，还要注意脚注的引用，避免与已有文献雷同。

为了有效应对知网查重的挑战，作者在撰写论文时可以采取一些策略来确保论文的原创性。首先，要确保脚注的引用准确、规范，避免与已有文献重复。其次，可以通过增加自身的研究成果和观点来减少与他人论文的相似性，提高论文的独创性。此外，也可以借助专业的查重软件对论文进行自查，及时发现和修改存在的问题，确保论文通过查重并获得较高的原创性评分。