知网查重工具在识别文章章节时出现问题的原因可能有多种。首先，文章格式不规范可能导致查重工具无法准确识别章节，例如缺少标题、标题格式不统一等。其次，章节标记错误也会影响查重结果，比如章节标题与内容不匹配、章节顺序混乱等。解决这些问题的方法包括规范文档格式、检查章节标记是否正确、确保章节标题与内容一致等。

当知网查重工具没有正确识别文章章节时，首先需要检查文章的格式是否符合要求，包括标题格式、段落格式等是否规范。其次，可以尝试手动调整章节标记，确保每个章节的标题和内容匹配。另外，也可以尝试将文章内容复制到其他查重工具中进行检测，以验证是否是知网查重工具本身的问题。综上所述，通过规范文章格式、调整章节标记和尝试其他查重工具，可以解决知网查重工具没有正确识别章节的问题。