查重系统不识别引用的主要原因包括引用格式不规范、引用内容过于简单、引用内容与原文差异过大等。在解决此问题时，可以尝试调整引用格式，增加引用内容的复杂度，保持原文核心思想一致。另外，也可以尝试手动标注引用部分，提高查重系统的识别准确性。

为了让查重系统正确识别引用内容，可以采取一些有效措施。首先，检查引用格式是否符合规范，包括引用标记的正确性和完整性。其次，引用内容应该保持一定的原创性，避免与原文雷同度过高。最后，可以尝试使用专业的查重工具，如Turnitin等，提高引用识别的准确性和效率。通过以上方法，可以有效避免查重系统不识别引用所带来的问题，保障学术诚信和文本原创性。