借鉴论文结构会导致查重的主要原因在于学术界对于抄袭的严格把控。当论文结构、段落、句式与他人过于相似时，会被查重系统判定为抄袭，从而影响论文的原创性和学术诚信度。因此，在借鉴他人论文结构时，应注意保持独特性，可以适度调整句式、词汇，添加个人见解，以确保论文不被查重系统误判。

除了保持独特性外，避免借鉴论文结构导致查重的方法还包括合理引用和标注。在引用他人观点、结构时，应注明出处并进行恰当引用，避免过度模仿。此外，可以尝试采用自己的写作风格和逻辑结构，对文献进行深入理解，从而形成自己的思路和框架。通过这些方法，不仅可以避免查重，还能提升论文质量和学术水平。