论文被盗不仅侵犯了作者的知识产权，同时也会对查重结果产生负面影响。盗版论文可能被他人恶意篡改，导致查重系统无法准确识别。这会使得原创论文被误判为抄袭，严重影响学术声誉和评价。为避免此类问题，作者在发表论文前应注意保护原创性，避免论文被他人盗用。同时，检测论文时应选择可靠的查重工具，确保结果准确可信。

另外，一些不法分子利用网络漏洞或非法手段，盗取他人论文进行传播或篡改。这不仅是对知识产权的侵犯，也会破坏学术环境和诚信度。为防止论文被盗，作者可以采取加密存储、定期备份等措施加强论文保护。同时，学术期刊和学术机构也应加强版权保护意识，建立完善的知识产权保护机制，共同维护学术诚信和学术环境的健康发展。