论文副标题查重的原理主要是通过文本比对算法，对输入的论文副标题进行分析和匹配，判断其与已有文献的相似度和重复程度。系统会将输入的副标题与数据库中的文献进行比对，检测是否存在相似的内容或重复的用语。同时，还会结合一些特定的算法和规则，如词频统计、语义分析等，综合判断副标题的原创性和独特性。

在论文副标题查重的过程中，系统会对输入的副标题进行分词处理，将文本转化为计算机可识别的形式，然后利用信息检索技术和相似度算法进行比对。常用的比对算法包括余弦相似度、Jaccard相似系数等，通过计算不同文本之间的相似度来判断副标题的重复程度。此外，还会考虑一些特殊符号、标点符号的处理以及同义词、近义词的替换等，以提高查重的准确性和全面性。