在进行论文查重时，通常不包括参考文献的原因有几点。首先，参考文献属于外部引用，主要是为了证明作者论据的可信性和来源，而非原创内容。其次，参考文献中的内容大多为他人观点或研究成果，不应计入论文本体的查重范围。最后，包括参考文献在内进行查重可能会导致误判，因为引用的内容并非作者原创，应当被排除在外。

参考文献在论文中的作用是为了支撑作者的观点和研究成果，展示作者对前人研究的借鉴和承接。然而，在进行论文查重时，系统通常会排除参考文献的内容。这是因为参考文献多为外部引用，不属于作者原创内容，查重的目的是检测论文本体的原创性和重复率，而非考察引用内容的重复情况。因此，论文查重部分不包括参考文献，是为了更准确地评估论文的独创性和学术水平。