页眉是文档的装饰性部分，如果被当作正文进行查重，会导致查重系统将页眉中的内容也计入文本相似度比对范围，从而增加文档相似度，降低原创性评估。此外，一些学术论文查重系统会将页眉视为重要内容，若页眉内容被多次复制粘贴，可能会被误判为抄袭。因此，页眉被当作正文查重会对文档的原创性评估和学术诚信产生负面影响。

另外，页眉通常包含文档标题、作者信息等元数据，若将页眉内容也纳入查重范围，可能导致一些非正文内容被误判为抄袭，影响文档质量评估。而且，页眉中的一些固定信息如机构名称、日期等在不同文档中可能存在重复，如果被算入查重范围，也容易引发误判。因此，正确处理页眉内容在查重过程中至关重要，避免将页眉当作正文进行查重，以确保查重结果的准确性和文档质量。